Основная задача микробиологического контроля рыбы и продуктов из нее заключается в изучении видового состава и свойств бактерий, встречающихся на рыбе и рыбных продуктах, их влиянии на технологические процессы переработки рыбы, а также разработка эффективного санитарно-гигиенического контроля предприятий.

При микробиологическом контроле в зависимости от его назначения определяются мезофильные аэробные и факультативно-анаэробные микроорганизмы (КМАФАнМ), бактерии группы кишечных палочек (БГКП), золотистый стафилококк, патогенные микроорганизмы, в том числе сальмонеллы.

Бактериальное обсеменение мяса рыбы происходит в результате проникновения бактерий с поверхности через жабры, систему кровеносных сосудов или через стенки кишечника в мускулатуру.