Микроорганизмы и в первую очередь грибы при интенсивном их развитии снижают качество корма и питательную его ценность.

Под воздействием грибов в первую очередь изменяются жиры, затем углеводы и белки, в корме накапливаются различные продукты распада, резко изменяющие запах и вкус корма, среди них органические жирные кислоты, аммиак, пептоны и др. Плесневые грибы являются основным источником липазы в хранящихся продуктах и кормах, в результате их жизнедеятельности происходит гидролиз жиров с образованием свободных жирных кислот и глицерина. Наиболее интенсивно этот процесс протекает при высоких температуре и влажности.

В результате протеолитической активности ряда микромицетов разрушаются истинные белки с образованием аммиака.

В процессе хранения корма происходит также разложение углеводов и в первую очередь крахмала. При расщеплении крахмала образуются моносахариды, являющиеся хорошей питательной средой для грибов. В аэробных условиях грибы разлагают сахара с образованием углекислоты, в анаэробных — спирта или уксусной кислоты. Процессы дыхания приводят к выделению тепла и потере сухого вещества, наиболее выраженной в самосогревающемся корме.